El coro es, junto con el retablo, el elemento más simbólico del templo al evidenciar su consideración de colegial y mostrar la riqueza de su cabildo. Como corresponde al modelo denominado “español”, se ubica en plena nave central y cuenta con una importante sillería de madera de nogal del primer tercio del siglo XVI. No se conoce su autor, aunque no hay duda de su pertenencia al grupo de profesionales que heredaron las tradiciones incorporadas por los profesionales flamencos que trabajaron en la catedral de Toledo, incluido Rodrigo Alemán, autor de la sillería baja del templo primado. La sillería, siguiendo el modelo toledano, se organiza en dos pisos. El superior está coronado por una sucesión de doseles góticos de crestería calada bajo la que se sitúan los sitiales. En el respaldo de cada uno de ellos se representan diferentes motivos y escenas de carácter simbólico, que hacen referencia a la Pasión de Cristo, la Exaltación de la Eucaristía y el triunfo de la Iglesia. Destaca también la constante representación de querubines y el cordón franciscano que adquiere un evidente protagonismo.
La sillería del coro bajo es mucho más sencilla, presentando únicamente decoración en las misericordias y los brazos de los asientos.
En la parte alta del coro se sitúa el magnífico órgano barroco que es uno de los más antiguos y destacados de Castilla-La Mancha. Según la inscripción que conserva en su secreto, fue construido en 1703 por Josef Martínez Colmenero, quien posteriormente fue nombrado maestro organero de la Catedral de Toledo.
El coro se cierra por una reja del siglo XVI. Junto a ella se conservan sendos carrillones de campanas en los extremos. Destaca el ubicado en el lado de la Epístola, que pertenece a la obra original y muestra una decoración pintada plateresca.
En el centro del coro se colocó, en el siglo XX, el túmulo funerario con las estatuas yacentes de Doña Teresa Enríquez y su esposo Don Gutierre de Cárdenas. El monumento se situó originalmente en la capilla mayor del monasterio franciscano de Santa María de Jesús de Torrijos, obra de Juan Guas, del que también fueron patronos fundadores. Durante la Guerra de la Independencia el monasterio sufrió importantes daños que culminaron con su total demolición años después. Para conservar la memoria de estos personajes tan importantes para la historia de la localidad, los restos del sepulcro se trasladaron a un almacén del Hospital de la Trinidad, donde permanecieron hasta 1922 en que se ubicaron, definitivamente, en el coro de la iglesia colegial. Lo más destacable del túmulo funerario, realizado en mármol, son las estatuas yacentes. Don Gutierre aparece representado como maestre de Santiago y Doña Teresa con hábito concepcionista. A pesar de los daños sufridos, es uno de los mejores monumentos funerarios que conservamos del primer tercio del siglo XVI y sirve para comprobar la rápida incorporación de las novedades italianas en el arte español de la época.
Estos 500 años de historia de la Colegiata han sido los de la historia de Torrijos y sus gentes. Torrijos, municipio de la provincia de Toledo, en la comunidad autónoma de Castilla-La Mancha. Se encuentra situado al norte de la ciudad de Toledo, en una depresión entre los ríos Tajo y Alberche.